Gümrük işlemlerinin tamamlanmasının ardından, riskli işlemlerin, gümrüğe yapılan beyanların ve beyan edilen belgelerin mevzuata uygunluğu ile işlemlerin usulüne uygun yapılıp yapılmadığının sonradan kontrolü ile tespitlere ilişkin gerekli aksiyonların alınması önem arz etmektedir.

Bağımsız Denetim ve Sonradan Kontrole ilişkin seçilen beyannamelerin incelenmesinde aşağıda ki hususların tamamı dikkate alınmaktadır ve denetim sonuçları raporlanmaktadır.

• Beyannamenin tüm alanları ve eklenen belgelerin beyan ile uyumu,
• Beyan edilen evraklar üzerinden Tarife, menşe, kıymet ve miktar açısından ve varsa nihai kullanım yönünden beyanın doğru yapılıp yapılmadığı İilevergi tahakkuklarının doğru olup olmadığı,
• İthalat vergileri ve ticaret politikası önlemlerinin doğru uygulanıp uygulanmadığı,
• Beyannameye eklenmesi zorunlu belgelerden ve izinlerden eksik evrak/belge bulunup bulunmadığı, (Beyanname ekinde yer alan çıktılar üzerinden inceleme yapılmış olup, tek pencere sistemi üzerinde yer alan elektronik ortamda başvurular incelenememektedir.)
• Ekonomik etkili gümrük rejimleri kapsamındaki işlemlerinin ilgili olduğu rejim şartlarına uygun olarak gerçekleştirilip gerçekleştirilmediği,
• İhraç edilen eşya için tahsil edilen bedelin ve ithal edilen eşya için ödenen bedelin beyan edilen gümrük kıymeti ile uyumlu olup olmadığı,
• İhraç/ithal edilen eşyanın nitelik, miktar, menşe ve kıymetinin, ihracat/ithalat beyannamesi, sözleşme, sipariş mektubu, fatura, üretim kayıtları, kalite kontrol sonuçları gibi belge ve kayıtlarda aynı olup olmadığı,
• Stok kayıtları ile muhasebe kayıtları beyanname ile karşılaştırmalı incelenerek gümrük vergisi, KDV, ÖTV ile diğer vergi ve fonların doğru beyan edilip edilmediği,
• Basitleştirilmiş usulde gerçekleşmiş olan işlemlerde (BS1, BS2, BS3 vb.) ilişkin yararlanılan kolaylıkların öngörülen şartlarının (örneğin; sonradan yapılan tamamlayıcı beyanların doğruluğu gibi) yerine getirilip getirilmediği,
• Gümrük müdürlüklerine beyan / ibraz edilen belgelerin (A.TR Dolaşım Belgesi, EUR.1 Dolaşım Sertifikası, Fatura Beyanı ve Form A Belgesi vb.) ilgili olduğu gümrük işlemlerine ve ilişkin olduğu mevzuata uygunluğu,